Según leo en clientcide, que por cierto, ya puede seguirse en twitter @mootools, Aptana Studio ya ofrece soporte para Mootools. Ha sido probado con Aptana 1.2 y 1.2.1 sin problemas. Es necesario instalar un plugin y a correr!

Muy buena noticia para todos aquellos que usan Aptana Studio en el desarrollo y que se vení­a echando en falta.